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Em jogos da série, melhorias são modificações corporais que permitem que os feitos sobre-humanos usuário. Enquanto melhorias nos dois primeiros jogos foram nanotecnológico, Human Revolution acontece antes e apresenta tanto melhorias mecânicas. Eles são divididos em quatro tipos: Combate, Furtivo, Tecnologia e Social. Usando as habilidades sociais, melhorias sociais e discrição, o jogador é capaz de passar todo o jogo matando apenas os chefes
Cada esquadrão inimigo terá um líder identificável que irá dirigir as ações do grupo. Se o líder for removido, o esquadrão é desorganizado. Inimigos reagir a decisões do jogador mudar seu comportamento, armas, etc.
Ao contrário Invisible War, armas disparar diferentes tipos de munição em vez de alimentar todos um carregador comum. As armas podem ser melhoradas para melhor atender o jogador.
Em uma mudança controversa dos jogos anteriores, Human Revolution vai usar um sistema de saúde regenerativa. Essa alteração foi feita porque os desenvolvedores não queriam que os jogadores estavam em uma situação onde eles foram incapazes de progredir devido à baixa saúde, forçando kits de forragem.